El estereocomparador, también conocido como microscopio de parpadeo, es un microscopio que superpone ópticamente dos placas fotográficas, cambiando de una a otra rápidamente. El astrónomo podía comparar las dos imágenes y buscar diferencias entre ellas. La imagen vista cambia rápidamente entre las dos placas, de modo que las estrellas del fondo parecen no moverse. Sin embargo puede haber objetos que a los astrónomos les interesa detectar con este instrumento. El estereocomparador se utilizaba para detectar estrellas dobles, cometas, estrellas variables, asteroides, y el movimiento propio de las estrellas. Actualmente se utilizan programas en computadoras que realizan el mismo trabajo más rápidamente y con mayor precisión.

Se debe tener dos placas de la misma región del cielo, tomadas en distintas épocas. Se montan las placas en los carros porta placas, donde cada una es iluminada por detrás por fuentes de luz separadas. Las placas se ubican en el mismo plano de la visión con respecto al microscopio. Para realizar esto, hay varios dispositivos en el instrumento. El carro derecho tiene dos perillas para mover la placa de izquierda a derecha y de arriba hacia abajo. El carro izquierdo tiene solamente una perilla que permita rotar la placa, de esta forma, si dos placas están desfasadas un cierto ángulo, el astrónomo podría girar a una de ellas hasta alinearlas. Los oculares del microscopio se pueden mover en su totalidad verticalmente usando la perilla en el centro inferior de la máquina. Delante de cada placa hay un prisma que dirige la luz que viene de cada de ellas hacia el microscopio central. En la parte posterior de éste, un espejo lleva la luz de una de las placas al microscopio. Este espejo es móvil, de modo que alternativamente permite la visión de la placa derecha o la izquierda. En 1930 Clyde Tombaugh, analizaba placas con un estereocomparador, obtenidas las noches del 23 y 29 de enero de 1930, descubrió el planeta enano Plutón.